有从事细菌战研究工作人员二千六百余人，其中将级军官五名，校级军官三十余名，尉级军官三百余名。

　　从一九三六年到一九四二年七月由石井四郎中将为部队长，一九四二年八月到一九四五年二月北野政次少将接任部队长，一九四五年三月到同年八月石井四郎又重任部队长。它的直属各个部以及各个支队都配备佐级军官负责，对一些重要部门都配备了少将级军官负责。

　　731部队分为八个部和四个支队

　　第一部负责细菌研究，菊地少将为部长。

　　第二部主要负责细菌试验，由太田大佐兼任部长。

　　第三部负责细菌武器的制造，由江口中佐任部长。

　　第四部负责细菌生产，由川岛少将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。

　　第五部是总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是731部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。

　　第六部是训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。第七部是资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。

　　第八部则是诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。

　　与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责“特别秘密监狱”的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。

　　石井的细菌部队除了平房本部即731部队外，还有4个支队：

　　162部队（林口支队）：设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。

　　643部队（牡丹江或海林支队）：设于海林镇，支队长尾上正男军医少佐。673部队（孙吴支队）：设于黑河市孙吴县，支队长西俊英军医中佐。

　　543部队（海拉尔支队）：设于海拉尔市，支队长加藤恒则军医少佐。

　　319部队（大连细菌研究所）：设于大连市，前身为南满洲铁道株式会社卫生研究所，1939年划归731部队。

　　731部队做的实验主要有以下几种：

　　解剖：一个代号为“马路大”的特别项目进行人体试验：受试验者从中国的住民中抓来，也被称为“圆木”(丸太）

　　手榴弹试验：用人在不同的距离和位置进行手榴弹试验。

　　冻伤试验：用来测试人在不同温度下抗寒程度。

　　火焰喷射器实验：731部队将试验者关在废弃装甲车内，用火焰喷射器烤之，以测验火焰喷射器威力。但这实验是毫无意义的，没有装甲车会呆在原

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